Питание растений при выращивании методом гидропоники происходит не без участия микроорганизмов. Для выяснения направленности этих процессов ученые-микробиологи исследовали микрофлору, населяющую гравий, раствор, ризосферу, прикорневую зону и корни. Результаты исследования показали, что общее количество микроорганизмов на гидропонике значительно меньше, чем на почве, особенно в ризосфере и прикорневой зоне. Однако на корнях количество бактерий несколько больше, чем при почвенном выращивании.
Условия гидропоники в целом не способствуют развитию многих микробиологических групп, в частности, здесь в несколько раз меньше по сравнению с почвой бактерий, растворяющих трехкальцевый фосфор, анаэробных фиксаторов азота, бактерий типа радиобактер, маслянокислых бактерий. На гидропонике значительно меньше грибов, чем на почве.