В тепличных условиях выращивания культур процесс аммонификации является доминирующим. Этот процесс осуществляется большим числом микроорганизмов, приспособленных к самой разнообразной обстановке.
Следует иметь в виду, что накопление аммиака происходит только в тех случаях, когда по тем или иным причинам прекращается дальнейшее его превращение в нитраты.
В отличие от аммонификации процесс нитрификации в закрытом грунте очень часто тормозится, в результате чего накапливаются аммонийные соли.
На процесс нитрификации очень отрицательно влияет слишком низкая или высокая кислотность почвы, большая подвижность алюминия, малая насыщенность ее основаниями, плохая аэрация, а также повышенная концентрация водорастворимого органического вещества. Такие условия могут быть при неумелом использовании в теплицах торфов, длительной паровой дезинфекции грунтов, при которой, кроме того, почти полностью погибают нитрифицирующие бактерии.
Лучшие условия для нитрификации создаются при влажности почвы 40-70%, температуре 25-35° и нейтральной реакции среды (рН - около 7).
На доступность растениям почвенного поглощенного аммония влияет степень насыщенности аммонием почвенных коллоидов, реакция среды и сопутствующие катионы. Меньшая насыщенность почвы аммонием способствует меньшей подвижности ионов и доступности его растениям. Особенно низка насыщенность аммонием черноземов, поэтому использование его растениями бывает незначительным. При кислой реакции среды (ниже 5,5) аммоний в почве как источник азота мало эффективен.
Доступность аммония для растений в теплицах снижается под влиянием натрия (поваренная соль), содержащегося в навозе боен, который применяется как субстрат для выращивания шампиньонов.