Источником их загрязнения может быть чрезмерное и бессистемное использование удобрений, животноводческих и других стоков.
Особенно подвержены загрязнению поверхностные внутренние воды, используемые в народном хозяйстве наиболее интенсивно. Эти воды обладают низким эффектом разбавления и ограниченным потенциалом самоочищения.
Основными источниками их загрязнения являются процессы инфильтрации смыва с поверхности почвы биогенных элементов. За счет инфильтрации в водоемы попадают вещества, которые в составе почвенного раствора могут легко перемещаться до уровня грунтовых вод. В результате смыва ежегодно в поверхностные воды поступает с неудобренных земель 0,5-2,5 г азота на 1 м3 стоков, с удобренных 3,5-14,5 г, что составляет 10-25 % азотных удобрений, вносимых на поля. Фосфора за счет смыва в водоемы попадает до 25 %, калия - 2 %.
Исследования свидетельствуют о сезонном колебании содержания отдельных элементов в речных водах и в замкнутых водоемах. Концентрация нитратов осенью здесь достигает в первом случае 6,6 мг/л воды, во втором 10, а в середине лета - соответственно 5,5 и 1,4 мг/л.
Содержание аммиачного азота в речной воде составляет 0-0,8 мг/л, в прудовой - 0-0,2, кальция - соответственно 2,1-69 и 2-96 %, магния 7,7-19 и 8,8-18, калия в; обоих случаях 8-10 мг/л. В отдельные периоды в поверхностных водах обнаруживаются в небольшом количестве медь, цинк, марганец.
Проблема чистой воды тесно связана с избыточным поступлением в водоемы биогенных элементов, вызывающих эвтрофикацию («цветение» воды). Азот меньше влияет на продукционные процессы в водоемах, чем фосфор.
С животноводческими отходами поступает в почву большое количество фосфора. Данные химического анализа воды водоемов в районах размещения животноводческих комплексов свидетельствуют о высоком содержании в них азота фосфора, органических и других веществ. Особенно они значительны при непосредственном сбросе в водоемы неочищенных животноводческих стоков или при орошении ими полей. Спуск сточных вод в открытые водоемы требует более чем 1200-кратного разбавления чистой водой, но и в этом случае неизбежна их быстрая эвтрофикация.
При высокой концентрации загрязняющих воду веществ их распад сопровождается нарушением баланса кислорода.
Это пагубно влияет на обитающие в воде организмы и в первую очередь на рыб. Сброс органических веществ в открытые водоемы может иметь тяжелые последствия для химического и биологического равновесия вод, вызывая их отравление продуктами разложения, значительно снижая способность к самоочищению.
Эффективная охрана вод предусматривает уменьшение эрозии почв, поверхностного стока и инфильтрации растворенных веществ, являющихся основными источниками попадания в водоемы химических элементов патогенной микрофлоры, вызывающих их загрязнение. Нельзя допускать сброса животноводческих и других неочищенных стоков в открытые водоемы.