При систематическом использовании избыточного количества животноводческих стоков в почве усиливается накопление ионов аммония, хлора, сульфат-ионов, значительно повышается концентрация одновалентных катионов, что может способствовать ее засолению.
Наиболее опасно для окружающей среды наличие в почве избытка азота. Известно, что азот в жидком навозе и навозных стоках находится преимущественно в аммиачной форме. В зависимости от типа почвы, увлажнения и температурного режима аммиачный азот нитрифицируется через 2-3 недели после внесения. При этом образуются нитраты, которые тормозят рост растений, особенно в начальных стадиях их развития. Накопление нитратного азота в почве создает предпосылку для сравнительно легкого вывода избыточного его количества из почвы путем денитрификации и вымывания.
Биохимические процессы в почве превращают сложные органические вещества в простые химические соединения - углекислоту, воду, сульфаты, нитраты и фосфаты. Параллельно с этим в почве происходит образование гумуса - безвредного в санитарном отношении вещества.
Охрану почв от загрязнения предопределяет научно обоснованное применение органических и минеральных удобрений, промышленных и животноводческих стоков. Равномерное и умеренное их внесение по полям обеспечивает наиболее высокий коэффициент использования питательных веществ из удобрений, уменьшая возможность загрязнения почв. Высокая культура земледелия - надежный щит против химического, бактериального и других видов загрязнения почв. Этот процесс в промышленном животноводстве можно свести до минимума при выделении нормативных площадей для использования бесподстилочного навоза и животноводческих стоков, четкой работы очистных сооружений.