Урожай черноплодной рябины собирают по мере созревания плодов. В более южных районах, а также при наличии большого количества тепла летом, особенно в августе, ягоды начинают созревать в начале сентября, в более северных районах и при холодном лете - в середине сентября и даже во второй его половине.
У недозрелых ягод терпкий вкус и твердая мякоть. Спелые же плоды имеют восковой налет и интенсивную черную окраску. При раздавливании их из мякоти выделяется темно-рубиновый сок. Плоды черноплодной рябины отличаются наличием плотной кожицы и достаточно плотной мякоти, благодаря чему они хорошо переносят длительную транспортировку даже в ящиках или корзинах емкостью до 20-25 кг.
Для переработки или недлительного хранения ягоды собирают без плодоножек, обрывая с куста руками. Поскольку плоды созревают одновременно, весь урожай собирают за один прием. Один человек за рабочий день может собрать до 75-100 кг рябины, что значительно больше, чем при сборе урожая ягодных культур.
Плоды, предназначенные для переработки, но находящиеся до этого на хранении в течение до полутора месяцев, помещают в небольшие ящики, которые устанавливают штабелями в хранилище с температурой не выше 10° (желательно, чтобы она была ближе к 0°). Ящики устанавливают так, чтобы между верхом одного ящика и дном другого была хорошая вентиляция. Штабеля ящиков также располагают с небольшим интервалом для свободного прохода воздуха.
Если плоды хотят сохранить длительное время, то их срезают ножницами вместе со щитком, затем нанизывают на шпагат или проволоку и развешивают в сарае. В таком виде плоды не портятся до наступления устойчивых морозов, и их можно употреблять в пищу в течение всей зимы.