Высокоэффективное использование удобрений обеспечивается разработкой и внедрением научно обоснованной системы удобрений. Она должна включать: правильное накопление, хранение и применение органических удобрений; правильное хранение, транспортировку и внесение минеральных удобрений, известковых удобрений, а также материалов для гипсования солонцовых почв; применение наиболее рациональных сроков и способов заделки удобрений с учетом результатов полевых опытов, агрохимических и других свойств почв, а также биологических особенностей возделываемых культур (и конкретно сортов); правильное сочетание основного удобрения с припосевным и подкормками.
Система удобрений должна исходить из особенностей севооборота, почвенно-климатических и агротехнических условий, быть тесно связанной с системой агротехнических мероприятий, направленных на создание хорошего водно-воздушного режима почвы, поддержание полей в чистом от сорняков состоянии. Необходимо также учитывать меры борьбы с болезнями и вредителями сельскохозяйственных культур.
Система удобрений в севообороте — решающее условие рационального использования удобрений. Применение удобрений в севообороте увеличивает их эффективность на 20—30%, так как при этом учитываются потребности каждой культуры севооборота и предусматриваются необходимые виды и формы удобрений, целесообразные дозы, а также наиболее эффективные сроки и способы их внесения.
Различают удобрение основное (допосевное), припосевное (рядковое, гнездовое, очаговое ленточное) и подкормку (послепосевное).