Вирусные болезни. Важнейшей вирусной болезнью салата считается мозаика. На листьях заметна пятнистость и вмятины, а также отчасти обесцвечивание жилок. Край листа становится отчетливо зубчатым, образование кочанов не происходит. Перенос вируса происходит через семена и многие виды тлей. Следует препятствовать росту сорняков, прежде всего из семейства Asteraceae. Другие вирусные болезни, такие, как разрастание жилок и некроз листьев, экономически имеют второстепенное значение.

Бактериальные и грибные болезни. Кочанный салат поражается гнилями, вызываемыми четырьмя бактериями. Типичным представителем следует считать возбудителя бактериальной гнили Pseudomonas marginalis. Гниль начинается с краев листьев с темных пятен и позднее переходит на молодые листья, которые начинают загнивать от основания. Гниение заканчивается тем, что растение превращается в черную кашеобразную массу на земле. Опасность распространения особенно велика при высокой ОВВ. Начальная инфекция почти всегда происходит от почвы. Поэтому почву нужно дезинфицировать. В увядании и последующей гнили листьев проявляется склеротиниоз, или белая гниль, вызываемая грибом Sclerotinia minor. Начавшееся снаружи гниение продолжается также и внутри и захватывает даже корневую шейку, на которой становится заметен белый мицелий. В мицелии появляются черные круглые склероции величиной с булавочную головку, которые перезимовывают в почве и там должны уничтожаться путем дезинфекции. Применяются по меньшей мере препараты квинтоцена (20 г/м² пол-террафуна перед посадкой). На 1 кубометр грунта для рассады добавляют 400 г этого препарата.

Довольно часто, особенно в периоды слабого освещения и прежде всего в связи с высокой ОВВ, появляется серая гниль, Botrytis cinerea. Ею поражаются уже семядольные листья сеянцев. Листья вянут, желтеют, начинают загнивать и покрываются налетом грибов мышиного цвета и сильно пылящим. Наряду с обеззараживанием почвы применяются препараты ТМТД. После высадки растения опыливаются вольфен-тиурамом 85 с расходом от 7 до 10 г/м². Такую обработку можно повторить, однако при более поздних сроках все же рекомендуется опрыскивание.

Большое экономическое значение имеет ложная мучнистая роса, Bremia lactucae, которая может поражать растения в течение всего периода вегетации, а иногда появляется даже после уборки при транспортировке или реализации. Для гриба благоприятны низкая освещенность, высокая ОВВ, дневная температура от 12 до 21°С, а также ночная температура от 6 до 10°С. На верхней стороне листа образуются бесцветные, позднее высыхающие или загнивающие пятна, на нижней стороне против них виден белый налет гриба. Борьба с ложной мучнистой росой с помощью препаратов меди на кочанном салате недопустима. Поэтому применяют препараты ТМТД и цинеба. Почву обрабатывают препаратами квинтоцена. Успешно ведется селекция на устойчивость. В последние годы на кочанном салате применяют также системные фунгициды. Для их применения действительны правила и ограничения, указанные для томатов.