Борьба с вредителями и болезнями при выращивании шампиньонов связана со специфическими проблемами. Трудности заключаются прежде всего в том, что грибы могут повреждаться многими болезнями и вредителями, а время развития от образования зачатков плодовых тел до уборки очень невелико. Так как время ожидания, требуемое после применения ядохимикатов, очень часто не может быть выдержано, многие средства защиты не могут применяться при выращивании шампионьонов.