Практической селекцией обычно занимаются поставщики грибницы. Они передают сорта грибницы в торговую сеть, обозначая их номером штамма. Оригинатор имеет право исключать из размножения тот или иной штамм и заменять его другим.
Основу селекции составляет отбор отдельных спор. Поскольку споры одного плодового тела гриба генетически неоднородны, имеется возможность отбора лучших штаммов. Искусственное увеличение гетерогенности, обычное для селекции зеленых растений, в практической селекции шампиньонов пока не применялось.
Важнейшей задачей селекции в настоящее время является повышение урожайности. При оптимальных условиях выращивания на пастеризованном конском навозе получают урожаи, равные 50-60% сухой массы субстрата. Важны, однако, также и скороспелость и хорошее пронизывание субстрата. Другие свойства, такие как высокое содержание белка и витаминов, упругость мякоти гриба, улучшение вкуса и устойчивость к болезням, будут в последующее время иметь большее значение для селекции.